Il club è stato fondato nel 1911 con la denominazione di Stade Clermontois. Nonostante il poco successo nei primi giorni di campionato, hanno raggiunto le semifinali della Coppa di Francia durante la stagione 1945-46, trofeo vinto poi dal Lilla. Durante la stagione 1946-1947 abbandonano il campionato causa difficoltà finanziarie. Il club torna e diventa professionista di nuovo nel 1966. Nel 1984 si fondono con gli Stade Clermontois-AS e il Montferrand, per formare il Clermont-Ferrand Football Club (CFC). Ripartono dalla terza divisione. Con il cambio denominazione in Clermont Foot Auvergne, ripartono dalla Division Honneur. Del 1993, dopo 13 anni e varie promozioni, passano dalla Divisione Honneur alla Ligue 2. Nel corso di questi 13 anni di successi, il club ha avuto numerosi successi in Coppa di Francia. La promozione più recente del club è stato nel 2007, viene promosso dal Championnat National di nuovo alla Ligue 2 dopo esser stati retrocessi nella stagione 2005-2006. Nel 2014, divenne la prima squadra nel campionato professionistico a nominare un’allenatrice per la propria panchina, infatti dapprima Helena Costa assume l’incarico che terrà dal 7 maggio al 24 giugno. Dopo le dimissioni di Helena Costa, prende il suo posto Corinne Diacre, la prima donna che realmente allenerà la squadra maschile francese. Il 15 maggio 2021 il club conquista la sua prima storica promozione in Ligue 1. L’8 agosto seguente, all’esordio assoluto in campionato, vince per 0-2 sul Bordeaux con i gol di Mohamed Bayo e Jodel Dossou.