Il club fu fondato nell’agosto del 1923, a seguito della fusione di tutti i club calcistici della città (La Sportiva, Gimnástica F.C., Illice F.C. e altri club minori), con il nome Elche Football Club. La prima partita in assoluto è stata contro il Monóvar vinta per 4-0. La squadra ha giocato la sua prima stagione in Tercera División nell’annata 1929-30 e ha ottenuto la promozione in Segunda División nel 1934. Dopo una pressoché stabile militanza nell’allora terza categoria del calcio spagnolo fra gli anni ’40 e ’50, nel biennio 1957-1959 l’Elche ottiene due promozioni consecutive e accede per la prima volta alla Primera División, assicurandosi l’ammissione al massimo campionato spagnolo con la vittoria per 3-0 contro il Club Deportivo Tenerife.
Ventennio in Primera División (1959-1978)
L’Elche inizia la propria militanza nella massima divisione con un pareggio contro il Real Oviedo: il primo gol è realizzato da Vicente Pahuet. Nel corso dell’annata si assiste alla vittoria per 2-1 sul Barcelona e alla sconfitta per 2-11 contro il Real Madrid. La squadra Franjiverde riesce a guadagnare una salvezza tutto sommato tranquilla, chiudendo l’annata d’esordio nella massima serie al decimo posto e riuscendo a raggiungere per la prima volta le semifinali in Coppa del Generalissimo, dove viene eliminata dall’Atlético Madrid poi vincitore del torneo. Nella stagione seguente il club si assicura nuovamente la permanenza nella massima serie vincendo il play-out contro l’Atlético Ceuta.L’Elche consegue il miglior risultato di sempre nella stagione 1963-1964, ottenendo il quinto posto e venendo estromesso dalla possibilità di partecipare alla Coppa delle Fiere solo per l’assenza di una fiera internazionale in città. Nello stesso anno la squadra riserve ottiene la promozione in Segunda División. Negli anni successivi la squadra riesce a consolidarsi nella massima serie, occupando stabilmente posizioni di medio-alta classifica e riuscendo a disputare una seconda semifinale di Coppa del Generalissimo nel 1967.
Nel 1969 il club raggiunge per la prima volta la finale in della manifestazione a seguito delle vittorie contro il Pontevedra, il Valencia e la Real Sociedad. La finale, giocata il 15 giugno 1969 allo stadio Santiago Bernabéu, venne vinta dall’Athletic Bilbao per 1-0. Nel 1971, dopo dodici stagioni consecutive nella divisione di vertice, l’Elche viene retrocesso in seconda serie. Due anni dopo il club riesce però a tornare in Primera División da campione. La seconda esperienza nella massima serie dura cinque anni, nei quali la squadra riesce a mantenere la categoria lottando spesso per non retrocedere. Nella stagione 1977-78, terminando diciassettesimo, il club torna nuovamente in Segunda División.
Nuove esperienze in Primera e crisi finanziaria (1978-99)
Sebbene sulla carta fosse uno dei club favoriti per la promozione, l’Elche negli anni successivi non riuscì a classificarsi nelle prime posizioni. Nella stagione 1980-81, all’ultima di campionato, il club si trova al secondo posto, con due punti di vantaggio sul Rayo Vallecano e sul Racing Club de Santander. La partita con il Cádiz terminò con una sconfitta; l’Elche quindi si classificò dietro il Club Deportivo Castellón, Cádiz Racing e Rayo, mancando così di un soffio l’accesso in Primera.Il club riuscì tuttavia ad ottenere la promozione nel 1984, dal momento che il Real Madrid Castilla e l’Athletic Bilbao B, classificatesi rispettivamente primo e secondo in campionato, non potevano per regolamento essere promosse. L’anno successivo il club terminò tuttavia diciassettesimo, e non riuscì ad evitare una nuova retrocessione. Nel 1988 la squadra ottenne una nuova promozione, la quarta, in massima serie, terminando al secondo posto. Dopo una nuova immediata retrocessione nel 1989, stagione conclusa all’ultimo posto in campionato, l’Elche venne colpito da una grave crisi finanziaria, e per questo fu relegato in Segunda División B al termine della stagione 1990-91, a più di trent’anni di distanza dall’ultima esperienza in terza categoria. Nonostante i buoni piazzamenti in campionato il club dovette attendere il 1997 per ottenere la promozione in Segunda División; il ritorno fu tuttavia breve, dato che la squadra retrocesse l’annata successiva. Nel 1998-99 una nuova vittoria nel gruppo promozione permise nuovamente ai Franjiverdes di tornare in Segunda División.