Fino al 1991 il Kazakistan non aveva una propria nazionale in quanto lo stato kazako era inglobato nell’Unione Sovietica. Esisteva, quindi, un’unica nazionale che rappresentava tutta l’Unione Sovietica. Dopo la dissoluzione dell’URSS venne creata la nazionale di calcio della Comunità degli Stati Indipendenti che rappresentava l’omonima confederazione di cui il Kazakistan fa parte tuttora. Tale nazionale, però, partecipò solo al campionato europeo di calcio 1992, dopodiché ogni nazione che aderiva alla CSI creò la propria nazionale. Dopo la dichiarazione di indipendenza del Kazakistan dall’Unione Sovietica, proclamata il 16 dicembre 1991, la nazionale maggiore kazaka esordì il 1º giugno 1992 con una vittoria per 1-0 contro il Turkmenistan, anch’esso all’esordio assoluto, ad Almaty, nella Coppa dell’Asia Centrale. Nel torneo, che vide una sola edizione, i kazaki affrontarono anche le rappresentative degli altri stati viciniori: Uzbekistan, Kirghizistan e Tagikistan. Dopo aver sconfitto la Libia in un’amichevole giocata in Corea del Nord il 3 luglio 1992, il Kazakistan disputò le rimanenti partite della Coppa dell’Asia Centrale, in cui rimase imbattuto. Sconfisse, infatti, l’Uzbekistan per 1-0 in casa il 16 luglio e pareggiò per 1-1 gli altri tre incontri: il 14 settembre in Turkmenistan, il 26 settembre in Kirghizistan e il 14 ottobre in Uzbekistan. Nell’ultimo incontro, giocato il 25 ottobre 1992, ottenne una vittoria interna per 2-0 contro il Kirghizistan La Federazione calcistica del Kazakistan (in kazako Федерация Казахстана футбола), fondata nel 1914, fu ricostituita nel 1994, anno in cui si affiliò alla FIFA e alla AFC. Il Kazakistan esordì in tornei ufficiali il 14 giugno 1996, battendo per 1-0 il Qatar allo Stadio Centrale di Almaty (gol di Maksïm Nïzovcev) nelle eliminatorie della Coppa d’Asia 1996, per la cui fase finale non riuscì a qualificarsi.
Esordì poi nelle qualificazioni alla Coppa del mondo in occasione delle qualificazioni AFC a Francia 1998. Inserito nel gruppo 9 con Pakistan e Iraq, vinse per 3-0 ad Almaty contro il Pakistan l’11 maggio 1997 e vinse nuovamente a Baghdad contro l’Iraq (2-1) il 6 giugno seguente. L’11 giugno batté il Pakistan per 7-0 a Lahore, stabilendo la vittoria più larga della propria storia. Il 29 giugno il Kazakistan chiuse il proprio cammino vittorioso nella prima fase sconfiggendo per 3-1 l’Iraq ad Almaty. Nel turno successivo i kazaki furono eliminati. Si piazzarono, infatti, ultimi nel girone con Giappone, Corea del Sud, Emirati Arabi Uniti e Uzbekistan, dopo aver ottenuto solo una vittoria (per 3-0 contro gli Emirati Arabi Uniti, il 18 ottobre 1997) e tre pareggi (tutti in casa, contro Uzbekistan, Giappone e Corea del Sud) in otto partite. Nelle qualificazioni al campionato del mondo 2002 il Kazakistan fu inserito nel gruppo 6 con Iraq, Nepal e Macao. Nel marzo 2001 il Nepal, inizialmente designato per ospitare le partite del girone, rinunciò all’organizzazione, che passò al Kazakistan. Tutti gli incontri furono quindi spostati ad Almaty, ma le proteste irachene condussero al trasferimento delle partite a Baghdad. Il 12 aprile 2001 il Kazakistan iniziò bene, vincendo per 6-0 contro il Nepal con due gol di Oleg Lïtvïnenko, poi due giorni dopo batté per 3-0 Macao. Il 16 aprile pareggiò per 1-1 contro l’Iraq di fronte a 50.000 spettatori: il gol di Ruslan Baltiev al sesto minuto di gioco fu pareggiato da quello di Abdul-Wahab Abu Al-Hail su calcio di rigore al trentunesimo. Il 21 aprile 2001, allo Stadio Centrale di Almaty, il Kazakistan batté per 3-0 il Nepal con due gol di Maksïm Şevçenko. Due giorni dopo sconfisse per 5-0 Macao, con doppiette di Dmïtrïý Byakov e Igor Avdeev nel secondo tempo. Il 25 aprile, nell’ultima partita, contro l’Iraq, il Kazakistan concluse sul risultato di 1-1 di fronte a 25 000 spettatori (al gol di Litvinenko al trentaduesimo gli iracheni replicarono segnando dieci minuti dopo). Ad avere la meglio fu l’Iraq, che a parità di punti aveva una differenza reti migliore, avendo battuto il Nepal per 9-1.