La selezione calcistica di San Marino ottiene l’affiliazione alla UEFA e alla FIFA soltanto nel 1988, dopo due anni di regime provvisorio. La prima partita ufficiale giocata da San Marino conclude con una sconfitta per 4-0 contro la Svizzera nel 1990, in una partita valida per le qualificazioni al campionato europeo del 1992. In precedenza la compagine sammarinese aveva perso per 1-0 contro la squadra olimpica canadese nel 1986, ma non si trattava di una partita ufficiale.
La migliore prestazione di San Marino in una gara ufficiale arriva nelle stesse qualificazioni al campionato del mondo del 1994, il 10 marzo 1993, quando la squadra del Titano riesce a pareggiare a reti inviolate contro la Turchia a Serravalle. Sempre a quel periodo risale l’allora record della marcatura più veloce nella storia degli incontri tra nazionali, detenuto da San Marino per i successivi 23 anni. In una gara valida per le qualificazioni al campionato mondiale di USA 1994, disputata allo Stadio Renato Dall’Ara di Bologna il 17 novembre 1993 contro l’Inghilterra, l’attaccante sammarinese Davide Gualtieri va infatti a rete quando sono trascorsi appena 8,3 secondi di gioco; la partita termina poi 7-1 in favore degli inglesi. Il primato sarà migliorato — di 2 decimi — solo il 10 ottobre 2016 dal giocatore belga Christian Benteke, nella partita Gibilterra-Belgio valida per le qualificazioni al campionato mondiale di Russia 2018. Il 10 ottobre 1998 la federcalcio sammarinese nomina ct della nazionale Giampaolo Mazza, destinato a ricoprire l’incarico per quindici ann