La federazione calcistica del Paraguay (Asociación Paraguaya de Fútbol) è fondata ad Asunción nel 1906 dai rappresentanti dei 5 club allora esistenti in patria: Olimpia, Guaraní, Libertad, General Díaz e Nacional, che danno vita alla Liga Paraguaya de Foot Ball Association. La Nazionale paraguaiana esordisce l’11 marzo 1919 contro l’Argentina e perde per 5-1. La federcalcio locale si affilia alla CONMEBOL nel 1921 e alla FIFA nel 1925. La prima partecipazione ad una competizione internazionale risale alla Copa América 1921, dove il Paraguay termina ultimo, al quarto posto. La Albiroja (biancorossa) riesce a raggiungere la finale dell’edizione seguente del torneo, ma si arrende al Brasile (3-0). Il 20 ottobre 1926 patisce la sconfitta più larga, quando perde per 8-0 in terra argentina. Prende parte al campionato del mondo 1930 in Uruguay, la prima edizione della Coppa del mondo. Inserito nel gruppo D, perde contro gli Stati Uniti (0-3) e vince contro il Belgio (1-0), non superando il turno. Il gol paraguaiano è segnato da Delfín Benítez Cáceres.
Il 30 aprile 1949 il Paraguay consegue la vittoria con il maggiore scarto, battendo in casa la Bolivia per 7-0. Torna ai Mondiali l’anno dopo, prendendo parte al campionato del mondo 1950 in Brasile. Anche questa volta esce al primo turno, dopo aver raccolto un punto (pareggio per 2-2) contro la Svezia. I gol portano la firma di César López Fretes e Atilio López. Nel campionato del mondo 1958 sfiora la qualificazione ai quarti di finale. Pur perdendo la prima partita per 7-3 contro la Francia, batte poi la Scozia per 3-2 e pareggia contro la Jugoslavia per 3-3. Le nove reti realizzate in quell’edizione del Mondiale rappresentano un record tuttora imbattuto per il Paraguay. A livello continentale vince due edizioni della Copa América, nel 1953 e nel 1979, ed è eliminata al primo turno nel 1975.
Una nuova epoca per il calcio paraguaiano si apre agli inizi degli anni novanta. Nel 1992, alle Olimpiadi di Barcellona, la squadra viene eliminata dal Ghana ai quarti di finale, ma sulla scena internazionale inizia ad affacciarsi una generazione di giovani calciatori di qualità, tra cui spicca un talentuoso portiere, José Luis Chilavert, abile tra i pali così come fuori dalla propria area di rigore. Il capitano paraguaiano, infatti, è anche un ottimo tiratore di calci di punizione ed è la stella di una squadra valida, imperniata, oltre che su Chilavert, su Celso Ayala, Francisco Arce, Carlos Gamarra, Denis Caniza e Roberto Acuña. Sarà questa generazione a guidare la Nazionale a ottimi risultati nei tornei internazionali e a consolidare la sua posizione di forza in Sudamerica, insieme con Brasile e Argentina. A metà decennio il Paraguay raggiunge per due volte i quarti di finale della Copa América.
Nelle qualificazioni sudamericane al campionato del mondo 1998 la squadra si piazza seconda dietro gli argentini e torna a giocare la fase conclusiva della Coppa del mondo dopo dodici anni. In Francia è sorteggiata nel gruppo D insieme a Spagna, Nigeria e Bulgaria. Pareggia a reti bianche con spagnoli e bulgari, e batte i nigeriani per 3-1 (gol di Celso Ayala, Miguel Ángel Benítez e José Cardozo). Giunge, quindi, una nuova qualificazione agli ottavi di finale. A Lens il Paraguay perde contro la Francia padrona di casa, poi vincitrice della coppa, solo al 114º minuto dei tempi supplementari, a soli sei minuti dai rigori. Nel campionato del mondo 2002 in Giappone e Corea del Sud i paraguaiani si ripetono. Quella biancorossa, allenata da Cesare Maldini, è una squadra rinnovata. Dopo il pareggio all’esordio contro il Sudafrica (2-2 con reti di Santa Cruz e Arce), il Paraguay perde per 3-1 contro la Spagna in una riedizione della partita di quattro anni prima, ma nell’ultima giornata ha la meglio sulla debuttante Slovenia (3-1, gol di Nelson Cuevas e Jorge Luis Campos) e si qualifica di nuovo per gli ottavi di finale. Qui regge per 88 minuti contro la Germania, futura finalista perdente, ma perde per 1-0. Quello nippo-coreano è l’ultimo Mondiale per Chilavert, Arce e Ayala.