Il Fulham venne fondato nel 1879 da fedeli della Chiesa anglicana di St. Andrew in Star Road, West Kensington con il nome di Fulham St Andrew’s Church Sunday School F.C., per coinvolgere il crescente numero di fedeli, già impegnati soprattutto nel cricket, nel nuovo sport del calcio che stava acquisendo crescente popolarità in tutto il paese. Una targa posta presso la chiesa commemora tutt’oggi la fondazione della squadra, che nel 1888 divenne semplicemente Fulham FC. Nel 1887 vinse la West London Amateur Cup e nel 1893 la neonata West London League – agli albori delle competizioni calcistiche per club. Nel 1898 avvennero i passaggi al professionismo e alla Southern League. Un passaggio fondamentale vide il Fulham trasferirsi, nel 1896, a Craven Cottage dopo un girovagare tra otto diversi impianti.
Nei primi anni, fino al 1901, la maglia fu bianco-rossa in due metà, come i Blackburn, ma col rosso al posto del blu, poi in stile Arsenal, abbinata dapprima a pantaloncini blu e in seguito bianchi. Nel 1901 si ebbe il cambio definitivo e si optò per maglia bianca e pantaloncini neri poi sempre mantenuta salvo sporadiche eccezioni. Nel corso degli anni successivi comparirà del rosso, soprattutto nei calzettoni, in ricordo dei colori originali. Nel 1905-1906 e 1906-1907 arrivarono due titoli di Southern League. Il 1907 coincise anche con l’adesione alla Football League e una semifinale di FA Cup in cui i Cottagers vennero battuti per 6-0 dal Newcastle United. Essendo un club piuttosto vincente, l’uomo d’affari Gus Mears, dopo aver acquistato lo Stamford Bridge Athletics Stadium provò a portarci a giocare proprio il Fulham, ma il rifiuto dell’allora proprietario Henry Norris convinse Mears a crearsi una propria squadra, che sarà il Chelsea Football Club.