Il club nasce nel 1989 come Almería Club de Fútbol e cambia denominazione nel 2001 con l’intento di trovare l’unità nel calcio almeriense al fine di avere una squadra competitiva. In ogni caso le origini del calcio ad Almería risalgono al 1909, con l’Almería Foot-ball Club. Nella sua breve storia la squadra ha avuto diversi allenatori. Dalla sua creazione nel 2001 fino a metà stagione 2003-2004 fu Juan Martínez Casuco, tecnico grazie al quale l’Almería conquistò la promozione in Segunda, si salvò l’anno successivo e fece un eccellente inizio di stagione nel 2003-04, arrivando anche a toccare la vetta della serie cadetta. Da quel momento però la squadra cominciò a soffrire fino a scendere a metà classifica, e Casuco fu esonerato dal suo incarico. Fu provvisoriamente sostituito dall’allenatore in seconda Alfonsín, ma presto venne chiamato alla guida della squadra Luís Ángel Duque. Nelle ultime giornate di quel campionato questi fu anch’egli esonerato e Alfonsín riprese le redini del team portandolo alla salvezza. La stagione successiva (2004-2005) la squadra fu inizialmente affidata a Fernando Castro Santos, anch’egli presto esonerato, fino al ritorno di Alfonsín e alla successiva chiamata di Paco Flores.