Costituito originariamente come squadra di rugby, nel maggio del 1882 passò al calcio. Indossando nei suoi primi anni diverse divise bianche e blu, il club disputò la sua prima partita ufficiale nell’ottobre 1882, allorché fu sconfitta per 8-0 dall’Astley Bridge in Lancashire Challenge Cup. Nel 1883 il club si trasferì a Turf Moor. Il Burnley debuttò in FA Cup nella stagione 1885–86 ma furono eliminati con un netto 11–0 anche perché le restrizioni dei giocatori convocabili costrinse il club a schierare in pratica la loro squadra riserve contro il Darwen (nei pressi di Blackburn). Quando fu fondata la The Football League nella stagione 1888–1889, il Burnley fu tra i 12 membri fondatori della competizione. Il Burnley, ora noto come ‘The Turfites’, ‘Moorites’ o ‘The Royalites’, terminò al nono posto la prima edizione del campionato ma nel campionato successivo si piazzò solo penultimo a causa di una serie negativa di 17 partite senza vittorie avvenuta all’inizio della stagione. In quella stagione, tuttavia, il Burnley si aggiudicò il suo primo trofeo, conquistando la Lancashire Cup battendo per 2–0 il Blackburn.
Il Burnley cambiò i colori dal verde al bordeaux e al blu cielo tipico anche dell’Aston Villa, il club più vittorioso del calcio inglese dell’epoca, a partire dalla stagione 1910–11. Nella stagione 1912–1913 conquistò la promozione in First Division, e raggiunse addirittura le semifinali di FA Cup, dove venne eliminato dal Sunderland. Nella stagione successiva conquistò il suo primo trofeo importante, la FA Cup, battendo per 1–0 nella finale decisiva, disputata a Crystal Palace, il Liverpool. La coppa fu consegnata al capitano della squadra da Re Giorgio V, che divenne il primo re d’Inghilterra a premiare i vincitori della FA Cup. La I Guerra Mondiale sospese i campionati al termine della stagione 1914–15, nella quale il Burnley chiuse 4° in First Division.
Quando i campionati ripresero nel 1919–1920, il Burnley terminò al secondo posto in First Division dietro soltanto al West Brom; nella stagione successiva, il Burnley conquistò il titolo sfiorato l’anno precedente divenendo campione d’Inghilterra per la prima volta (1920–21). Quel campionato fu vinto dal Burnley, nonostante la squadra avesse subito tre sconfitte nei primi tre incontri, grazie a una serie di 30 partite senza subire sconfitte, che gli permise di risalire la classifica fino a balzare in testa alla classifica e mantenerla per tutta la stagione, conquistando uno storico titolo. La serie di 30 partite senza subire sconfitte fu un record rimasto imbattuto fino al 2003-04, quando fu battuto dall’Arsenal. Nella stagione successiva il Burnley chiuse al terzo posto, ma nelle stagioni successive le prestazioni della squadra peggiorarono al punto che, a parte il 5º posto raggiunto nella stagione 1926–27, il club sfiorò più volte la retrocessione, che arrivò infine nel 1929–30. Nel primo campionato del dopoguerra, il Burnley, ormai ripresosi dalla crisi di risultati, centrò la promozione in massima serie con il secondo posto in seconda divisione. Nella stessa stagione, il club giunse in finale di FA Cup, eliminando Aston Villa, Coventry City, Luton Town, Middlesbrough e Liverpool prima di essere sconfitti nella finale di Wembley dal Charlton per 1–0 dopo i tempi supplementari. Nella sua prima stagione in massima serie dopo un’assenza di diversi anni, il Burnley ottenne un onorevole terzo posto nella stagione 1947–1948 e negli anni successivi il club cominciò a rinforzare la squadra in modo da renderla sufficientemente competitiva per lottare per un trofeo. Nella stagione 1956–1957 il club ottenne una vittoria record per 9–0 sul New Brighton nella FA Cup—nonostante aver sbagliato un rigore—e nella stagione successiva l’ex giocatore Harry Potts venne ingaggiato come allenatore della squadra. Dopo tre stagioni in Second Division, il club precipitò addirittura in Third Division nella stagione 1979–80, a causa di una stagione disastrosa nella quale, delle 42 partite disputate, non ne riuscì a vincere nemmeno una. Due stagioni dopo, sotto la conduzione dell’allenatore Brian Miller, vinse il campionato di terza divisione, ritornando tra i cadetti. Tuttavia, il ritorno in cadetteria durò solo un anno, malgrado in quella stagione la squadra avesse raggiunto i quarti di finale della FA Cup e le semifinali della League Cup, registrando vittorie ai danni degli Spurs e del Liverpool, anche se la vittoria per 1–0 sul Liverpool nella semifinale di League Cup non bastò a garantire l’accesso alla finale, dato che all’andata il Burnley aveva perso per 3–0. Nella stagione 2008-2009 il club ottenne il quinto posto in classifica, qualificandosi ai play-off. Superato agevolmente il Reading vincendo entrambe le partite di semifinale, il 25 maggio 2009, a 33 anni dalla sua ultima partecipazione alla massima serie, il club tornò in Premier League battendo per 1-0 a Wembley, nella finale dei play-off, lo Sheffield United. Nella stagione successiva retrocesse immediatamente dalla Premier, anche in seguito alle dimissioni di Owen Coyle e all’ingaggio di Brian Laws: con Coyle la partenza in Premier era stata stata molto buona, soprattutto al Turf Moor, dove i Clarets avevano battuto perfino i campioni d’Inghilterra del Manchester United, mentre la gestione Laws fu piuttosto deficitaria, con 14 sconfitte nelle sue prime 17 partite. Nell’aprile del 2014 il Burnley, giunto matematicamente secondo in campionato dopo il Leicester, conseguì nuovamente la promozione in Premier League. Nel 2014-2015 retrocesse in seconda serie con due giornate d’anticipo sulla fine del campionato, nonostante il successo per 1-0 ottenuto sul campo dell’Hull City. Ottenne nuovamente la promozione al primo tentativo, in seguito alla vittoria casalinga per 1-0 contro il QPR, arrivata dopo i pareggi di Middlesbrough e Brighton, che lanciarono i Clarets in testa alla classifica con due punti di vantaggio sulle inseguitrici, che si sarebbero affrontate all’ultima giornata. Il 7 maggio arrivò anche l’ufficialità del primo posto, per cui il Burnley si aggiudicò il trofeo del Championship 2015-2016.
