La società nacque nel 1894 in seguito all’esplosione della passione per il calcio, portato in Francia dagli inglesi. I colori sociali (chiamati notoriamente ciel et marine) sono il celeste ed il blu, che rappresentano un riconoscimento nei confronti delle due Università più prestigiose di Inghilterra: Oxford (blu) e Cambridge (celeste). Nel 1899 la squadra vinse il titolo di Campione di Francia senza giocare neppure una partita a causa del ritiro delle altre squadre. Il successo venne bissato l’anno successivo (1900). Una nuova retrocessione e la crisi finanziaria fanno vacillare la società ma tutto viene risolto. Anzi, nel 1959 il Le Havre scrive una della pagine memorabili della sua lunga storia; al successo in seconda divisione e il conseguente ritorno in prima, si aggiunge la storica vittoria nella Coppa di Francia.
Nel 1962 un’altra retrocessione nella serie cadetta è resa più dura dal fatto che la squadra ritroverà il massimo campionato soltanto 23 anni più tardi. Sono tempi duri che portano i normanni addirittura in terza serie. Viene abbandonato pure lo status professionistico.
Nel 1979 arriva la promozione in seconda divisione dopo otto anni nella D3. La società ritorna professionistica nel 1981 e raggiunge nuovamente la massima serie nel 1985 per restarci tre anni. Nel 1991, la quinta promozione in prima divisione apre un nuovo capitolo che vedrà restare i normanni per ben nove anni nell’élite del calcio francese.
Promosso per la sesta volta in Ligue 1 nel 2002, è retrocesso dopo due anni trascorsi in massima serie. Dal 2004 al 2008 ha militato nuovamente in Ligue 2. La nuova promozione è giunta al termine della stagione 2007-2008, ma dopo una sola stagione in Ligue 1, la squadra normanna è tornata nella divisione cadetta.
Nella stagione 2022-2023 vince il campionato di seconda divisione tornando in Ligue 1 dopo 14 anni.