Il club fu fondato nel 1932 in seguito alla scissione dal Cercle Athlétique Messin della rispettiva sezione calcistica. La squadra guadagnò immediatamente lo status di squadra professionale, divenendo una delle squadre fondatrici della Division 1. Alla sua stagione d’esordio nel calcio professionale il Metz retrocesse in seconda categoria, per poi risalire l’anno successivo. Seguirono alcuni campionati di classifica medio-bassa (l’unico risultato degno di nota fu la finale di Coppa di Francia nella stagione 1937-38), dopodiché nel 1940, in seguito all’occupazione della Lorena da parte della Germania, il Metz cambiò il nome in Fußball Verein Metz e abbandonò lo status professionistico, vietato in Germania.
Al termine delle ostilità il Metz poté riprendere lo status di squadra professionistica, ritornando quindi a giocare nella massima serie francese. Dopo un ventennio di risultati variabili tra la metà inferiore della Division 1 e le prime posizioni della Division 2, la squadra tornò definitivamente in massima serie nel 1967. In quello stesso anno il Metz fu acquistato dall’imprenditore Carlo Molinari, che allestì una squadra che nel corso dei trentasei anni successivi si sarebbe affermata come un club di livello medio-alto.
Durante questo trentennio si possono riconoscere due grandi periodi: il primo può essere riconosciuto negli anni ottanta, in cui la squadra della Lorena vinse la Coppa di Francia nelle stagioni 1983-84 e 1987-88, nonché la Coppa di Lega nella stagione 1985-86. Il Metz fu inoltre protagonista di una buona performance durante la Coppa delle Coppe 1984-85, eliminando al primo turno il più quotato Barcellona, sconfiggendolo al Camp Nou per 4-1 (con tripletta di Toni Kurbos) dopo aver perso in casa per 4-2. Un secondo periodo può essere distinto negli anni novanta, in cui la squadra disputò dei campionati ad alto livello (in cui vinse, nel 1996, la sua seconda Coppa di Lega) che culminarono nella stagione 1997-98, in cui il Metz lottò fino all’ultima giornata per la vittoria finale del campionato, venendo sconfitto dal Lens solo a causa della peggior differenza reti.
Subito dopo il conseguimento di questo risultato la squadra attraversò un periodo di instabilità: qualificatosi per i preliminari della Champions League 1998-1999, il Metz venne inaspettatamente eliminato dai finlandesi dell’HJK Helsinki, e da quel momento in poi dovette subire un notevole ridimensionamento. Retrocesso al termine della stagione 2001-2002, il Metz tornò subito in massima serie, disputando negli anni successivi delle stagioni opache. A partire dal campionato 2005-06 il Metz conobbe un periodo di saliscendi tra la prima e la seconda divisione, mentre al termine della stagione 2008-09 (che vide l’ascesa alla presidenza di Bernard Serin, nonostante Molinari resti in società come vicepresidente ed azionista di maggioranza) mancò la promozione in Ligue 1, concludendo al quinto posto. Nella stagione 2011-12, il Metz retrocede in terza divisione. Come conseguenza il centro di formazione per giovani calciatori dovrà essere chiuso, mentre il progetto per rinnovare lo stadio è stato rimandato.