Fondato il 21 agosto 1901, il Brighton mosse i suoi primi passi nel calcio professionistico nella Southern Football League, dove giocò ininterrottamente sino al passaggio nella Football League nel 1920. Vinse una Supercoppa d’Inghilterra nel 1910 battendo l’Aston Villa, a tutt’oggi l’unico trofeo conquistato dal club. Con lo scoppio della Prima guerra mondiale molti giocatori vennero arruolati per prestare servizio sul fronte occidentale, e l’attività della squadra venne sospesa per quattro anni. Ammesso alla English Football League nel 1920, il club militò per un trentennio nella Third Division South, il girone meridionale della terza divisione del calcio inglese, ottenendo l’accesso in Second Division per la prima volta nel 1958 grazie ad una vittoria per 5-0 contro il Watford. La permanenza in seconda divisione durò però solamente tre anni, e nel 1963 la squadra non riuscì ad evitare la discesa in Fourth Division per la prima volta. L’acquisto dell’ex nazionale inglese Bobby Smith contribuì a risollevare le sorti del club che in pochi anni riguadagnò la seconda categoria e nel 1978, guidato in panchina da Alan Mullery, ottenne la prima storica promozione nella massima serie. Il Brighton riuscì a mantenere la categoria per quattro anni consecutivi fra il 1979 ed il 1983, ottenendo come miglior piazzamento il 13º posto della stagione 1981-1982. Un piazzamento di particolare rilievo fu raggiunto nel 1983, anno in cui il team raggiunse per la prima volta la finale di FA Cup, persa contro il Manchester Utd dopo il replay; lo stesso anno la squadra retrocesse. Nel 1987 i Seagulls caddero nuovamente in Third Division, ma la permanenza in terza serie durò solamente una stagione.
Quattro anni dopo, nel 1991, il Brighton fu sconfitto dal Notts County nello spareggio per la promozione all’ultima stagione della vecchia First Division, prima dell’avvento della Premier League. Nel corso del decennio successivo i problemi finanziari costrinsero i Seagulls a giocare tra Second e Third Division. La cattiva gestione del club porto il Brighton ad essere vicino alla retrocessione dalla Football League alla Conference, ovvero la retrocessione dal calcio professionistico a quello dilettantistico, evitata a fatica nel 1997 e nel 1998. Il club fu costretto a scendere in quarta divisione per la prima volta dopo un quarantennio e a vendere il proprio stadio, il Goldstone Ground, sede delle partite casalinghe della squadra dal 1902. Il cambio della guida societaria, passata all’imprenditore Dick Knight, salvò il Brighton dal fallimento. La raggiunta stabilità economica permise alla squadra di tornare dopo diversi anni nel secondo livello del calcio inglese nel 2002, grazie a tre promozioni di fila. Dopo una nuova retrocessione in League One nel 2006, la stagione 2010-2011 vide il Brighton terminare al primo posto in classifica e tornare nuovamente in Championship a sei anni di distanza dall’ultima apparizione.
Dopo tre semifinali dei play-off perse in quattro anni fra il 2013 ed il 2016 (la prima delle quali contro i rivali del Crystal Palace), il 17 aprile 2017, in seguito alla vittoria per 2-1 contro il Wigan, ha ottenuto la certezza aritmetica della promozione in Premier League con tre giornate d’anticipo sulla fine del campionato, che ha concluso al secondo posto. La stagione nella massima serie, la prima dopo 34 anni, viene conclusa con il 15º posto in classifica con 39 punti, sette punti in più rispetto alla prima delle retrocesse. Anche nelle due stagioni successive i Seagulls riescono a mantenere la categoria, ottenendo due salvezze nel complesso tranquille.