Fondata originariamente come squadra di rugby, nel maggio 1882 passò al calcio. Indossando nei suoi primi anni diverse divise bianche e blu, il club disputò la sua prima partita ufficiale nell’ottobre 1882, allorché fu sconfitta per 8-0 dall’Astley Bridge in Lancashire Challenge Cup. Nel 1883 il club si trasferì a Turf Moor. Il Burnley debuttò in FA Cup nella stagione 1885–86 ma furono eliminati con un netto 11–0 anche perché le restrizioni dei giocatori convocabili costrinse il club a schierare in pratica la loro squadra riserve contro il Darwen (nei pressi di Blackburn). Quando fu fondata la The Football League nella stagione 1888–89, il Burnley fu tra i 12 membri fondatori della competizione. Il Burnley, ora noto come ‘The Turfites’, ‘Moorites’ o ‘The Royalites’, terminò al nono posto la prima edizione del campionato ma nel campionato successivo si piazzò solo penultimo a causa di una serie negativa di 17 partite senza vittorie avvenuta all’inizio della stagione. In quella stagione, tuttavia, il Burnley si aggiudicò il suo primo trofeo, conquistando la Lancashire Cup battendo per 2–0 il Blackburn.
Retrocessa in Second Division nella stagione 1896–97, ritornarono in massima serie già la stagione successiva, perdendo solo 2 delle 30 partite disputate tra i cadetti e ottenendo la promozione tramite i play-off, all’epoca noti con la denominazione di ‘Test Matches’. Il Burnley e lo Stoke City si scontrarono tra di loro nell’ultimo turno degli spareggi, che avrebbe deciso chi si sarebbe qualificata alla massima serie della stagione successiva (nel caso del Burnley sarebbe stata promozione essendo una squadra cadetta, nel caso dello Stoke sarebbe stata una salvezza essendo una squadra di massima serie). La partita terminò 0–0, divenendo nota come ‘The Match without a shot at goal’ (“la partita senza un tiro in porta”) e la Lega immediatamente eliminò il sistema dei “Test Match” (ovvero gli spareggi interdivisionali tra le peggiori squadre di massima serie e le migliori cadette) in favore di un sistema di promozione e retrocessioni dirette. Ironicamente, la Lega decise inoltre di allargare la massima serie ammettendo altre due squadre cadette e rendendo inutile lo spareggio tra Burnley e Stoke.