Il Bayern Monaco di Jupp Heynckes è inserito nel gruppo F insieme agli spagnoli del Valencia, ai bielorussi del BATĖ Borisov e ai francesi del Lilla, e supera il turno come primo classificato, totalizzando 13 punti al pari del Valencia, ma con gli scontri diretti a favore e una maggiore differenza reti. Agli ottavi di finale il Bayern affronta gli inglesi dell’Arsenal, vincendo l’andata a Wembley per 3-1 e perdendo 0-2 il ritorno all’Allianz Arena, superando il turno solo grazie alla regola dei gol fuori casa. Ai quarti c’è la Juventus, ultima italiana in corsa, che viene sconfitta sia all’andata che al ritorno col risultato di 2-0. In semifinale i bavaresi affrontano il Barcellona, semifinalista della scorsa edizione. All’andata il Bayern infligge un pesante 4-0 ai Blaugrana (che ha rappresentato per alcuni anni la peggiore sconfitta in Champions per i catalani) e al ritorno al Camp Nou i padroni di casa vengono ancora una volta battuti, stavolta 3-0. Vincendo la semifinale con un risultato aggregato di 7-0, il Bayern si appresta a partecipare alla seconda finale consecutiva.
Il Borussia Dortmund di Jürgen Klopp è inserito nel gruppo D insieme agli spagnoli del Real Madrid, agli olandesi dell’Ajax e agli inglesi del Manchester City, e supera il turno come primo classificato, totalizzando 14 punti frutto di quattro vittorie e due pareggi. Agli ottavi di finale il Borussia affronta gli ucraini dello Šachtar pareggiando 2-2 al Donbas Arena e vincendo con un secco 3-0 al Signal Iduna Park. Nella partita d’andata è stato osservato un minuto di silenzio per commemorare le cinque vittime dell’incidente aereo che trasportava i tifosi del Borussia. Ai quarti gli spagnoli del Malaga, alla prima partecipazione in Champions League,pareggiano 0-0 in casa, ma vengono sconfitti per 3-2 a Dortmund. In semifinale per i gialloneri c’è ancora una volta una squadra spagnola, ossia il Real Madrid di José Mourinho già affrontato nella fase a gironi. Nel match d’andata il Borussia ci mette l’anima e abbatte il Real vincendo 4-1 con quattro gol di Robert Lewandowski. L’attaccante polacco realizza tra l’altro il record di gol segnati da un singolo giocatore in una semifinale di Champions League. Al Santiago Bernabéu il Real Madrid sfiora l’impresa vincendo 2-0, pur realizzando i gol solo nei minuti finali. Per il Borussia si tratta della prima sconfitta nella competizione, che vale comunque l’accesso alla seconda finale della sua storia
Finale Londra Wembley 25 maggio 2013
BORUSSIA DORTMUND 1 : Weidenfeller; Piszczek, Hummels, Subotic, Schmelzer; Bender, Gündogan; Blaszczykowski, Grosskreutz, Reus; Lewandowski.
BAYERN MONACO 2 : Neuer; Lahm, Boateng, Dante, Alaba; Schweinsteiger, Javi Martinez; Robben, Müller, Ribery; Mandzukic.
Arbitro: Rizzoli
60 ‘Mandzukic, 68′ rig. Gundogan, 89’ Robben