Lo Slovan Bratislava di Michal Vičan esordì contro gli jugoslavi del Bor vincendo 3-0 la gara d’andata, il che fece risultare ininfluente la sconfitta per 2-0 in Serbia. Agli ottavi di finale i lusitani del Porto, compagine ben più quotata, vinsero per 1-0 la gara d’andata per poi essere eliminati in virtù di un umiliante 4-0. Ai quarti i Belasí affrontarono gli italiani del Torino, battendoli sia all’andata che al ritorno rispettivamente coi risultati di 1-0 e 2-0. In semifinale i sorprendenti scozzesi del Dunfermline furono sconfitti con un risultato complessivo di 2-1.
Il Barcellona di Salvador Artigas iniziò il cammino europeo contro gli svizzeri del Lugano battendoli col risultato complessivo di 4-0. Agli ottavi i catalani ottennero un bye in virtù dei ritiri di alcune squadre per motivi politici legati alla Primavera di Praga. Ai quarti di finale i Blaugrana affrontarono i norvegesi del Lyn, vincendo in casa 3-2 e pareggiando 2-2 in Norvegia. In semifinale i tedeschi occidentali del Colonia furono battuti con un risultato totale di 6-3, frutto del pari esterno per 2-2 e della vittoria casalinga per 4-1.
Finale St. Jakob Stadium, Basilea 21 maggio 1969
Slovan Bratislava – Barcellona 3 – 22′ Cvetler(SB), 16′ Zaldua(B), 30′ Hrivnak(SB), 42′ Jan Capkovic(SB), 52′ Rexach(B)
Slovan Bratislava: Vencel; Filo, Horvath, Hrivnak; Zlocha, Hrdlicka, Josef Capkovic; Cvetler, Moder (Hatar), Jokl, Jan Capkovic
Barcellona: Sadurni; Franch (Pereda), Eladio, Rife; Olivella, Zabalza, Pellicer; Castro (Mendoza), Zaldua, Fuste, Rexach
Arbitro: Laurens Van Ravens (Olanda)