Il Bayern Monaco viene fondato il 27 febbraio 1900 a Monaco di Baviera da membri del club ginnico MTV 1879 e adotta come colori sociali il bianco e l’azzurro, che sono anche quelli della Baviera; la prima divisa consiste semplicemente in una maglia bianca e dei pantaloncini neri. Franz John viene eletto presidente della neonata società; gli altri fondatori provengono in gran parte da Berlino, Friburgo, Lipsia e Brema. A pochi giorni dalla nascita, il 1º marzo, viene giocata la prima partita, contro il Monaco 1896, che viene vinta per 5-2.Ben presto la squadra inizia ad attrarre numerosi calciatori, tra cui tre provenienti dal Monaco 1860. Nel 1905 si verifica la prima unione, quella con il Münchner SC, e in questa occasione vengono adottati gli attuali colori, il bianco e il rosso; di qui a poco, inoltre, il club comincia a giocare in un campo sulla Leopoldstraße.
Dopo la sospensione delle attività causata dalla prima guerra mondiale, un campionato regolare viene ripristinato nella stagione 1919-1920. Contemporaneamente, nell’ottobre 1919, il Bayern Monaco si fonde con il Turnverein Jahn TuSpV Bayern e la carica di allenatore passa all’inglese William Townley. Già negli anni prima della guerra il club aveva avuto degli allenatori d’oltremanica: Taylor e Charles Griffith, oltre allo stesso Townley. Nella primavera del 1924 la società attua la Reinliche Scheidung (netta separazione di discipline sportive) con il TuSpV Baviera, e si costituisce come sodalizio indipendente con il nome FC Bayern München. L’allenatore è Jim McPherson, un altro inglese.
La squadra intanto ha iniziato a giocare nelle competizioni regionali bavaresi, ottenendo presto successo. Qui le rivali più agguerrite si chiamano Norimberga e Fürth, e proprio contro questi ultimi si gioca la finale del campionato della Germania meridionale del 1926. La partita di ritorno viene giocata in quello che è da poco diventato il teatro delle partite casalinghe, il Grünwalder Stadion, e viene trasmessa in diretta radiofonica: alla fine a prevalere sono i padroni di casa, per 4-3. I Rossi partecipano così alla fase nazionale ma vengono eliminati negli ottavi di finale, dopo aver perso 2-0 contro il Fortuna Lipsia. Una nuova partecipazione allo stesso torneo è datata 1928: in quest’edizione il Bayern, guidato dell’ungherese Leo Weisz, batte Wacker Halle e SpVgg Sülz 07 prima di raggiungere la semifinale. Qui il cammino però si arresta: fatale è l’incontro con i futuri campioni dell’Amburgo, che vincono la sfida per 8-2.
Il primo titolo tedesco arriva ad ogni modo poco dopo, nel 1932, al quarto tentativo, quando Richard Kohn guida un gruppo che comprende tra gli altri Oskar Rohr, Josef Bergmaier e Ludwig Goldbrunner. Il Bayern sconfigge in semifinale il forte Norimberga prima di accedere alla finale nazionale, che si gioca contro l’Eintracht Francoforte proprio a Norimberga: in città accorrono migliaia di sostenitori dei bavaresi, che vedono vincere i Rossi per 2-0. Nel 1962-1963 il Bayern esordisce in campo internazionale, arrivando ai quarti di finale della Coppa delle Fiere, dove viene eliminato dalla Dinamo Zagabria, poi finalista della competizione. Un grande cambiamento nel calcio nazionale si verifica nel 1963, con l’istituzione della Bundesliga, il primo massimo campionato tedesco occidentale composto da un unico girone all’italiana. Vi accedono sedici squadre provenienti dalle cinque Oberligen, ma tra queste non figura il Bayern, dato che la Federazione decide di non ammettere più di un club per città e il posto assegnato a Monaco di Baviera appartiene già ai concittadini del Monaco 1860. Ad ogni modo la società ingaggia Zlatko Čajkovski, allenatore jugoslavo che ha già vinto il campionato tedesco con il Colonia, e accede ad una delle neonate seconde divisioni, la Regionalliga Süd. L’ingresso in Bundesliga è comunque rimandato di poco, al 1965, quando i Rossi vincono i play-off e vengono promossi, dopo aver mancato questo risultato la stagione precedente. Parte del merito va sicuramente a Rainer Ohlhauser, che segna ben quarantadue gol e stabilisce un record di marcature arrivato fino ai giorni nostri, tuttavia fanno già parte di questa squadra tre giocatori sui quali il club costruirà i propri successi negli anni a venire: Sepp Maier, Franz Beckenbauer e Gerd Müller. Il primo campionato dopo la riunificazione tedesca, dopo aver pericolosamente stazionato a ridosso della zona retrocessione nel marzo 1992, viene concluso, dopo la partenza di Heynckes a stagione in corso, al decimo posto, peggiore piazzamento del club dalla stagione 1977-1978. Giunto secondo in Bundesliga nel 1992-1993, nel dicembre del 1993 il Bayern ingaggia nuovamente Beckenbauer nelle vesti di allenatore e rivince il titolo tedesco nel 1993-1994, ma Kaiser Franz lascia la panchina del club dopo il successo per tornare a ricoprire il ruolo di presidente. Nell’estate del 1998 viene ingaggiato l’allenatore Ottmar Hitzfeld, che nell’annata d’esordio vince la Coppa di Lega (4-0 in finale allo Stoccarda) e guida il Bayern alla sua sesta finale di UEFA Champions League, risoltasi con un epilogo imprevedibile che arride al Manchester Utd, in gol due volte nei minuti di recupero dopo che i tedeschi erano stati in vantaggio fino al novantesimo. In questa stagione la squadra ha comunque messo in bacheca il titolo tedesco e lo stesso fa nella successiva, superando il Bayer Leverkusen all’ultima giornata grazie a una migliore differenza reti. La stagione 2000-2001 è memorabile: il Bayern mette in bacheca il diciassettesimo titolo tedesco e, per la quarta volta, la UEFA Champions League battendo in finale il Valencia ai tiri di rigore, con il portiere Kahn decisivo, che riesce a parare il tiro a Mauricio Pellegrino. Persa la Supercoppa UEFA contro il Liverpool, nel 2001 il club di Monaco di Baviera conquista per la seconda volta la seconda coppa Intercontinentale sconfiggendo il Boca Juniors. Il Bayern ottiene poi il double campionato-coppa nazionale nel 2002-2003, con Giovane Élber capocannoniere della Bundesliga. Nell’ultima stagione di Hitzfeld, con in squadra il nuovo acquisto Roy Makaay, la squadra termina al secondo posto il campionato.
Palmarès
Titoli di Germania 31
Trofei nazionali 20 Coppe di Germania
9 Supercoppe di Germania
6 Coppa di Lega tedesca
Trofei internazionali 6 Coppe dei Campioni/Champions League
1 Coppe delle Coppe
1 Coppe UEFA/Europa League
2 Supercoppe UEFA
2 Coppe Intercontinentali
2 Coppe del mondo per club