La società nacque ufficialmente in seguito alla guerra civile spagnola, il 24 febbraio 1946, quando cinque abitanti del posto, Enrique Condes García, Aurelio Miranda Olavaria, Antonio Corridor Lozano, Manuel Serrano Vergara e Miguel Cubero Francés, decisero di fondare un sodalizio legato a Getafe che, inizialmente, assunse il nome di Club Getafe Deportivo. La società successe ad un sodalizio precedente (la Sociedad Getafe Deportivo) che aveva rappresentato la città nelle diverse divisioni minori nazionali dal 1923 al 1933 e di cui prese in eredità il colore sociale azzurro. Dopo un decennio di attività regionale, nel 1957 il Club Getafe Deportivo esordì per la prima volta nelle categorie nazionali, partecipando alla Tercera División. La vittoria del gruppo non fu sufficiente ad assicurare una nuova promozione nella stagione seguente ed il club si assestò in Tercera fino ad una nuova retrocessione patita nel 1968 (con il nome di Club Getafe Kelvinator per ragioni di sponsorizzazione). Tornato in Tercera, il Club Getafe Deportivo partecipò per la prima volta alla Coppa del Re (allora Coppa del Generalissimo) nel 1971 ed ottenne la prima storica promozione in Segunda División, la seconda serie del calcio spagnolo, nel 1976.
Rifondazione come Getafe Club de Fútbol (1983-2003)
Dopo quasi 40 anni di attività, l’8 luglio 1983, a seguito del fallimento della precedente società, fu fondato l’attuale Getafe Club de Fútbol (nuova denominazione assunta dall’allora squadra giovanile[2]) che, da allora, è considerata la quarta squadra della capitale Madrid (dopo Real Madrid, Atlético Madrid e Rayo Vallecano). Nonostante ciò Getafe, pur facendo parte dell’area della più grande città iberica, costituisce un Comune a parte.Nel 1983-84 la nuova squadra partì dunque dalle serie regionali. Ottenne poi quattro promozioni consecutive, raggiungendo nel 1987 la Segunda División B, la terza serie spagnola. Alla fine della stagione 1993-94 fu promossa in Segunda División, dove rimase due anni. La successiva annata in terza serie, il 1996-97 si chiuse con una sofferta salvezza, conseguita dopo uno spareggio contro l’Huesca. Seguirono due altri anni in terza serie, prima di una nuova promozione in seconda serie ottenuta nel 1998-99. Nel frattempo era stato inaugurato il nuovo stadio del club, il Coliseum Alfonso Pérez, che aprì i battenti il 1º gennaio 1998. Nel 2000-01 il Getafe retrocesse, dopo due anni, in terza divisione, ma nel 2001-02, in una stagione funestata dall’assassinio del calciatore Sebastián “Sebas” Gómez e un debito di tre milioni di euro per mancati pagamenti degli stipendi dei giocatori, riuscì a risalire in Segunda tramite il quinto posto in terza serie.
Nel 2002-03 la squadra si salvò grazie all’undicesimo posto in Segunda, gettando le basi per la splendida annata successiva. Al termine della stagione 2003-04, infatti, il Getafe fu promosso in Primera División, avendo terminato il campionato di seconda divisione al secondo posto. Memorabile fu il successo all’ultima giornata sul campo del Tenerife per 5-3, con cinque gol di Sergio Pachón[5]. Il risultato ebbe del prodigioso, dato che in soli vent’anni la squadra aveva scalato l’intera piramide calcistica spagnola.
Esordi in Liga ed in Europa (2003-10)
Nella stagione 2004-05, la prima in massima serie, la squadra guidata da Quique Sánchez Flores sembrava, in seguito ad un brutto inizio, destinata alla retrocessione immediata ma, grazie ad una notevole rimonta, ottenne alla fine un positivo ed inaspettato tredicesimo posto in classifica, riuscendo nell’impresa di essere, nel giugno 2005, l’unica formazione, tra quelle neopromosse in Liga nella stagione precedente, ad evitare la retrocessione (destino avverso riservato, invece, in quell’occasione, sia al Levante che al Numancia). Nella stagione 2005-06, dopo un ottimo avvio ed il conseguimento del primo posto temporaneo in classifica sotto la guida di Bernd Schuster, il Getafe terminò la stagione con un brillante nono posto, miglior risultato della storia sino a quel momento, esattamente bissato l’anno successivo, allorché gli Azulones arricchirono la propria stagione con il raggiungimento, per la prima volta, della finale della Coppa del Re, persa per 1-0 contro il Siviglia, vincitore anche delle ultime due edizioni della Coppa UEFA. La qualificazione del Siviglia alla UEFA Champions League, ottenuta tramite il piazzamento in campionato, liberò un posto in Coppa UEFA per l’anno successivo per il Getafe, finalista perdente. Nel 2006-07 la squadra concesse solo 33 reti in 38 partite di campionato: il portiere argentino Roberto Abbondanzieri vinse il Trofeo Zamora, avendo concluso 12 partite di Liga senza subire gol.Nella stagione 2007-08, partito Schuster, destinato al Real Madrid, il Getafe fu affidato a Michael Laudrup e disputò per la prima volta nella sua storia la Coppa UEFA, dove raggiunse i quarti di finale. Qui fu eliminato dal Bayern Monaco per la regola dei gol fuori casa, dopo il pareggio per 1-1 in Germania nella gara di andata e il 3-3 nella gara di ritorno in Spagna. Nella stessa annata raggiunse di nuovo la finale di Coppa del Re, persa questa volta contro il Valencia (3-1). Nella stagione 2009-10 la squadra migliorò il proprio record chiudendo il campionato al sesto posto. Il piazzamento permise alla compagine di accedere ai preliminari di Europa League, che riuscì a superare, accedendo così alla fase a gruppi. Fu eliminata proprio in questa fase classificandosi terza con 7 punti nel gruppo H dietro a Stoccarda e Young Boys.