Il 23 luglio 1930, al caffè Norat della Rambla di Gerona, si costituì il Girona Fútbol Club dopo lo scioglimento dell’Unió Esportiva Girona per motivi economici. La squadra si iscrisse dunque alla seconda divisione del campionato catalano di calcio. La prima partita ufficiale, contro il Colònia Artigas, vide scendere in campo: Florenza, Teixidor, Farró, Flavià, Comas, Corradi, Ferrer, Escuder, Clara, Torrellas e Taradellas. Nel 1935-1936 il Girona esordì nella Segunda División e nel suo raggruppamento concluse al primo posto, accedendo agli spareggi per la promozione. Qui se la vide con Celta Vigo, Real Saragozza, Arenas Club, Real Murcia e Xerez e si classificò penultima, piazzamento non sufficiente a centrare la promozione in Primera División.
Dopo la guerra civile spagnola la squadra fece l’ascensore tra Segunda e Tercera División, categoria in cui precipitò nel 1959 e nuovamente nel 1980 (nel 1977 era stata creata la Segunda División B, dove il Girona rimase tre anni prima della retrocessione in Tercera). Nel 1968 iniziarono i lavori di costruzione dello Stadio Montilivi, che dal 1970 sostituì stabilmente il vecchio impianto, il Vista Alegre. Nei decenni seguenti il Girona fluttuò tra terza e quarta serie, trascorrendo anche tre stagioni nel campionato regionale, nel 1982-1983, nel 1997-1998 e nel 1998-1999. Il 16 giugno 2008, battendo per 1-0 il Ceuta nei play-off, raggiunse, sotto la guida del tecnico Raül Agné, la seconda promozione consecutiva, tornando così in Segunda División dopo 49 anni.
Il 22 luglio 2010 un gruppo di uomini d’affari di Gerona guidati da Ramon Vilaró, Joaquim Boadas e Josep Slim acquistò il 72% delle azioni del club, prima di proprietà di Josep Gusó e Josep Rofes. Vilaró fu eletto presidente, mentre Agné, dopo un periodo sulla panchina del Recreativo Huelva, tornò ad allenare il Girona in vista dell’imminente stagione di Segunda División. Fu esonerato il 14 gennaio 2012, dopo una sconfitta esterna (3-0) proprio contro il Recreativo Huelva. Il 9 maggio 2013 un nuovo board dirigenziale, adottando lo slogan “El Girona FC también es mío” (Il Girona FC è anche mio), approvò un aumento di capitale sociale sino a 300 000 euro, da distribuirsi in azioni da 10 euro l’una, allo scopo di ripianare il bilancio del club. Nella stagione 2014-2015 il Girona fallì la promozione diretta in Primera División all’ultima giornata. A pochi minuti dal termine dell’ultimo incontro di campionato, in casa contro il Lugo, fu raggiunta sul pari, quando una vittoria le sarebbe stata sufficiente a ottenere l’obiettivo. La squadra catalana ebbe comunque accesso ai play-off, ma fu eliminata in semifinale dal Real Saragozza, malgrado una vittoria per 3-0 nel turno di andata. Nel 2015-2016 la squadra raggiunse la finale dei play-off per la promozione in Primera División, ma fu sconfitta dall’Osasuna.