Fu fondata il 16 giugno 1971, quando sostituì la Groningen Football and Athletics Association, a sua volta fondata il 26 gennaio 1921. Il club venne portato al successo dai famosi fratelli Ronald Koeman e Erwin Koeman e dalla punta Jan van Dijk nella stagione 1982-83, quando la squadra ottenne la prima qualificazione alle coppe europee. Nella stagione 2005-2006 ha ottenuto un ottimo quinto posto in campionato, traguardo che gli ha consentito di disputare i play-off previsti nella Eredivisie per l’accesso al terzo turno preliminare della Champions League. Dopo aver battuto in semifinale l’AZ Alkmaar il Groningen si è arreso in finale all’Ajax (sconfitta 2-0 ad Amsterdam, vittoria 2-1 a Groninga). Nella stagione 2007-2008 si è classificata al settimo posto. In Coppa UEFA viene eliminata al primo turno ai rigori dalla Fiorentina dopo che le gare di andata e ritorno erano terminate entrambe con il risultato di 1-1. Nella stagione seguente si è classificata al sesto posto con 56 punti, partecipando così ai play-off per entrare in Europa League, indetti nel campionato olandese, perdendo, però, la doppia finale contro il NAC Breda (1-1 e 0-2 a Groninga) e restando così fuori dalle competizioni europee. Nella stagione 2009-2010 giunge in ottava posizione in classifica con 49 punti. Anche in questa occasione partecipa ai play-off per un posto alle qualificazioni di Europa League di fine stagione, perdendo nella doppia semifinale contro l’Utrecht (1-3 e 0-2). Il 3 maggio 2015, imponendosi per 2-0 in finale di Coppa d’Olanda sul PEC Zwolle, la squadra conquista il primo trofeo della sua storia, qualificandosi al contempo per la fase a gironi dell’Europa League 2015-2016. Qui viene aggiunta nel gruppo F con Sporting Braga, Marsiglia e Slovan Liberec, concludendo il girone all’ultimo posto con 2 punti, frutto di due pareggi contro portoghesi e cechi. Al termine del campionato 2022-2023 retrocede in cadetteria dopo 23 anni.