Venne fondato, nel 1879, un club di cricket. Non vi erano però passatempi per la stagione invernale. Proprio a questo proposito, Connell, con l’aiuto dei custodi della chiesa William Beastow e Thomas Goodbehere, fondò un club di calcio parrocchiale, il “St Mark’s West Gorton”, a volte scritto come “West Gorton (St.Mark’s)”. La prima partita ricordata negli annali ci fu il 23 novembre 1880, contro un’altra squadra parrocchiale di Macclesfield. Nel 1884, il club si fuse con un altro, il “Gorton Athletic”, ma la fusione durò solo pochi mesi, dopo i quali il club si divise ancora, e la rappresentativa di West Gorton si chiamò “Gorton A.F.C.” mentre il Gorton Athletic si ribattezzò “West Gorton Athletic”. Nel 1887 il Gorton A.F.C. diventò un club professionistico, e ciò comportò lo spostamento della sede delle partite in casa ad Hyde Road, cambiando quindi il nome originale in “Ardwick A.F.C.”, per richiamare la nuova collocazione nell’est cittadino.
L’Ardwick guadagnò maggior fama nel 1891, vincendo la Manchester Cup per la prima volta battendo il Newton Heath per 1-0 in finale. Questo successo influì positivamente sulla Football Alliance, che accettò l’Ardwick come ulteriore franchigia per la stagione 1891-1892. L’Alliance si fuse con la Football League nel 1892, cosicché l’Ardwick divenne membro della seconda divisione della Football League. Problemi finanziari nella stagione 1893-94 portarono ad una riorganizzazione del club, che divenne il Manchester City Football Club, società formalmente registrata il 16 aprile 1894.
La vittoria della seconda divisione della Football League nel 1899 diede al club i suoi primi onori e la promozione alla più alta serie calcistica inglese, la Football League first division. Il club ebbe il suo più grande successo il 23 aprile del 1904, battendo il Bolton Wanderers 1-0 al Crystal Palace National Sports Centre per vincere il più prestigioso torneo ad eliminazione[4] del calcio inglese, la FA Cup, sfiorando il “double” e finendo secondi classificati in campionato. Nelle stagioni seguenti al trionfo in FA Cup, il club fu accusato di irregolarità finanziarie, che culminarono nel 1906 nella sospensione di diciassette giocatori, incluso il capitano Billy Meredith.[4] Per la rabbia dei tifosi del City, molti dei giocatori sospesi andarono a giocare dai rivali locali del Manchester United, formando il nucleo della prima squadra vincente di quest’ultimo. Un incendio ad Hyde Road distrusse la tribuna principale nel 1920 e nel 1923 il club si spostò a Maine Road. Negli anni ’30 il Manchester City raggiunse finali di FA Cup consecutive, perdendo contro l’Everton nel 1933 prima di vincere la coppa battendo il Portsmouth nel 1934. Il club vinse anche la first division nel 1937, venendo però retrocesso nella stagione seguente, nonostante avesse il miglior attacco della divisione. Dopo una stagione in second division, i campionati furono sospesi a causa dell’inizio della seconda guerra mondiale.
Nel 1965 fu nominato allenatore Joe Mercer, con Malcolm Allison come assistente: nella prima stagione il City vinse il titolo di seconda divisione ritornando così in First Division. Nella stagione successiva la squadra, rinforzatasi durante il mercato estivo grazie agli acquisti di Mike Summerbee e Colin Bell, riuscì a centrare la salvezza classificandosi al quindicesimo posto: per il raggiungimento di tale traguardo furono decisive le ultime diciassette partite, in cui il City perse solo quattro volte.
Alla fine del campionato 1967-68 il Manchester City riuscì a vincere il secondo titolo della sua storia: i momenti più salienti della stagione furono una gara contro il Tottenham (trasmessa in televisione e vinta per 4-1 dal City) denominata The Ballet on Ice (Il balletto sul ghiaccio) per via della neve che aveva ricoperto il campo di gioco, la vittoria per 3-1 all’Old Trafford contro il Manchester United (futuro campione d’Europa e rivale dei Citizens nella corsa al titolo) nel derby, e la gara dell’ultima giornata di campionato, vinta per 4-3 contro Newcastle United, che assicurò al City la vittoria del campionato. La gloria durò poco perché pochi giorni dopo lo United vinse la Coppa dei Campioni divenendo il primo club inglese a riuscire nell’impresa. Le pagine dei giornali erano tutte per i Red Devils. Nella stagione successiva, nonostante il raggiungimento del tredicesimo posto in classifica e l’eliminazione in Coppa dei Campioni al primo turno da parte del Fenerbahçe, la squadra continuò la sua scia di successi andando a vincere la FA Cup.La vittoria del trofeo nazionale permise al Manchester City di giocare in Coppa delle Coppe per la stagione 1969-70: dopo aver eliminato l’Atlético Bilbao, il K. Lierse S.K., l’Académica Coimbra e lo Schalke 04, i Citizens approdarono in finale a Vienna contro i polacchi del Górnik Zabrze, sconfiggendoli per 2-1 e aggiudicandosi il loro primo trofeo europeo. Alla fine della stagione il Manchester City vinse la Coppa di Lega, diventando così il primo club inglese a vincere un torneo nazionale ed europeo nella stessa stagione.
Nel 1971 Mercer fu promosso come team manager della squadra, lasciando il posto al suo assistente Malcolm Allison: nella sua prima stagione il City lottò per la conquista del campionato trovandosi, a marzo, primo in classifica con quattro punti di distacco minimo sulle inseguitrici. Una crisi di risultati fece tuttavia scivolare la squadra al quarto posto. A seguito di questo insuccesso, i tifosi troveranno il colpevole di ciò nel giocatore Rodney Marsh (il cui acquisto aveva intanto gravato sul bilancio della società), che ammetterà in seguito la sua colpa.
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