La squadra giocò sedici partite tra il 1939 e il 1944, rappresentando la Prima Repubblica Slovacca, stato formalmente indipendente ma di fatto soggetto a controllo nazista, repubblica che divenne ben presto uno stato fantoccio della Germania e durò soltanto sei anni. La selezione esordì in campo internazionale il 27 agosto 1939 a Bratislava contro la Germania, ottenendo una prestigiosa vittoria per 2-0. Dato il coincidere del periodo di esistenza con la guerra e la totale mancanza di manifestazioni internazionali di rilievo in ambito calcistico, la selezione poté giocare soltanto degli incontri amichevoli od occasionali, fronteggiando più volte la Germania, la Romania e la Croazia: contro queste due nazionali, la Repubblica Slovacca non riuscì mai a imporsi. Fu sciolta appena finì la guerra e con la dissoluzione dello stato che rappresentava, incorporato nella Cecoslovacchia.
Dopo la seconda guerra mondiale, la compagine ceca e quella slovacca furono ben presto riunite in un’unica nazionale, la Cecoslovacchia. In particolare, la squadra che vinse l’Europeo 1976 era composta per gran parte di giocatori slovacchi: otto degli undici che disputarono la finale erano nati nell’attuale Slovacchia. Al Mondiale del 1982 e del 1990, la Cecoslovacchia venne guidata da un allenatore slovacco, Jozef Vengloš.
Il quinquennio tra 1999 e 2004 è contraddistinto da un periodo piuttosto mediocre, alternato da vittorie e sconfitte che hanno portato sempre a mancate qualificazioni e posizionamenti a metà classifica dei gironi qualificatori. Degne di nota soltanto ai fini statistici le loro maggiori vittorie, nel 2004 per 7-0 contro Liechtenstein, risultato che avrebbero bissato contro San Marino due volte nel 2007 e nel 2009. La Slovacchia fallisce le qualificazioni all’Europeo del 2000, seppur inserita in un girone abbordabile, la Nazionale slovacca termina al terzo posto il proprio raggruppamento dietro a Portogallo e Romania, con il personale record di 17 punti conquistati 5 vittorie, 2 pareggi e 3 sconfitte. Tra il 31 maggio 2000 e il 29 maggio 2001, la Nazionale slovacca resta imbattuta fino alla sconfitta di Brema in amichevole contro la Germania per 2-0. Con tre vittorie e due pareggi, la Slovacchia inizia bene il proprio girone di qualificazione per i Mondiali 2002: seguono però tre ko consecutivi – tra cui quello in Azerbaigian, unico successo per la Nazionale azera – e al termine delle qualificazioni gli slovacchi sono nuovamente terzi nel gruppo 4 dietro a Svezia e Macedonia, totalizzando nuovamente 17 punti.