Il club è stato fondato nel 1940. Dopo anni in Eredivisie, nella stagione 2006-07 viene sconfitto nello spareggio per la promozione dal VVV Venlo e viene quindi retrocesso in Eerste Divisie. Nell’Eerste Divisie 2008-2009 vince il playoff contro il De Graafschap e ritorna nella massima divisione del campionato olandese; qui però si rende protagonista in negativo e conclude la stagione con un disastroso ultimo posto (soltanto 15 punti totalizzati). Alla fine della stagione 2012-2013 ritrova una nuova promozione, valida per l’Eredivisie 2013-2014. Anche questa volta, però, durerà solo un anno l’avventura nel campionato, chiudendo al 16º posto con 32 punti fatti. L’anno seguente, in Eerste Divisie, la squadra conclude all’ultimo posto (20º), ma nonostante ciò non è retrocessa in Topklasse (la terza divisione) in quanto alcuni club si sono rifiutati di iscriversi nel mondo dei professionisti.
Conclude la stagione 2018-2019 di Eerste Divisie all’ottavo posto, occupando un posto per la lunga trafila dei playoff promozione, partendo come una delle sfavorite. Nonostante ciò, il club elimina nel doppio scontro il N.E.C., giunto nono in classifica a pari punti, ribaltando una sconfitta per 2-0 rimediata all’andata con un netto 3-0 al ritorno; dopodiché il Waalwijk elimina l’Excelsior, piazzatasi sedicesima in Eredivisie, vincendo per 2-1 sul proprio campo e limitando i danni al ritorno con un sofferto 1-1. Giunto all’ultimo doppio incontro prima della promozione, il club affronta il Go Ahead Eagles, squadra giunta quinta in Eerste Divisie, ma che è stata anche capolista solitaria per buona parte del campionato. Il match di andata, giocato in casa, termina con un teso ed equilibrato 0-0, ma il ritorno è del tutto diverso della partita giocata soltanto tre giorni prima: il primo tempo si conclude sul punteggio di 2-0 per il Waalwijk, ma gli avversari reagiscono e tempo venti minuti che il risultato è già capovolto sul 3-2; tempo di realizzare il gol del pari che il Go Ahead Eagles passa in vantaggio nuovamente nei pressi del 90º minuto. Nonostante ciò, al 96º minuto Spierings porta il match sul momentaneo 4-4, mentre Bilate, due minuti più tardi, realizza il gol del definitivo sorpasso dagli undici metri, regalando al club l’ennesima promozione in Eredivisie.