L’attuale club fu fondato il 13 settembre 1933 con il nome di Sportverein Austria Salzburg. Fino alla sua attuale denominazione la società ha cambiato diverse volte nome e colori sociali per motivi legati allo sponsor. Storicamente conosciuta come Austria Salisburgo, ha modificato nome, colori sociali e simbolo nel 2005 col passaggio di proprietà alla società austriaca di bevande Red Bull (controllante di fatto, anche se formalmente solo socio di minoranza), situazione che ha creato forte malcontento nella tifoseria e che l’ha divisa fra coloro che comunque sostengono la squadra rivoluzionata e coloro che non l’accettano. Questi ultimi hanno fondato una squadra con la denominazione originale di Sportverein Austria Salzburg, che gioca in Regionalliga.
Il club ha vinto il suo primo titolo di Bundesliga nel 1993-1994, mettendo in bacheca il primo di tre allori nello spazio di quattro stagioni. A livello nazionale si è aggiudicato 15 campionati, 8 Coppe d’Austria e 3 Supercoppe d’Austria. A livello internazionale ha raggiunto la finale della Coppa UEFA del 1993-1994, persa contro l’Inter.
Palmarès
Titolo di campionato 1994, 1995, 1997, 2007, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021
ÖFB Cup 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2019, 2020, 2021