Il club viene fondato il 4 febbraio 1899 con il nome di Fußballverein Werder, iniziando subito a giocare in diversi tornei locali. Dopo la fine della prima guerra mondiale inizia ad incorporare anche altri sport, così nel 1920 viene rinominato in Sport-Verein Werder Bremen; intanto ha già iniziato a giocare nel Weserstadion.
Nel 1933 la Germania nazista riorganizza il calcio tedesco: il Werder si ritrova a giocare nella Gauliga Niedersachsen vincendola per tre volte, nel 1934, nel 1936 e nel 1937. Con lo scoppio della seconda guerra mondiale la Niedersachsen viene successivamente frazionata, e i biancoverdi riportano qui un’altra vittoria nel 1942: in questo caso riescono però ad arrivare ai quarti di finale della fase nazionale, dove sono sconfitti dal Kickers Offenbach. Militano in squadra anche Hans Tibulski e Matthias Heidemann, quest’ultimo il primo giocatore del club ad essere convocato nella Nazionale.
Nel dopoguerra la Germania si ritrova occupata: il 10 novembre 1945 il club viene sciolto, per poi venire rifondato l’anno seguente come SV Grün-Weiß 1899 Bremen. Una nuova riformadel calcio tedesco porta i biancoverdi a giocare nell’Oberliga Nord: questo torneo viene quasi sempre vinto dai rivali dell’Amburgo, ma il werder si consola con la vittoria della DFB-Pokal 1960-1961, a cui fa seguito il raggiungimento dei quarti nella Coppa delle Coppe 1961-1962. In questo periodo, in cui molti tesserati del Werder lavorano anche in una fabbrica di tabacco, sono in rosa anche Sepp Piontek e Arnold Schütz.
Le buone prestazioni nella Nord permettono comunque ai biancoverdi di essere uno dei membri fondatori della nascente Bundesliga. Il primo gol nel nuovo torneo viene proprio segnato al Weserstadion, anche se è contro il Werder: è di Timo Konietzka del Borussia Dortmund nella giornata inaugurale dell’edizione 1963-1964. Il titolo arriva già l’anno successivo, con Willi Multhaup in panchina e con Horst-Dieter Höttges, Max Lorenz e Walter Nachtwey in campo. Non è tuttavia particolarmente fortunata l’avventura nella successiva Coppa dei Campioni, che termina agli ottavi; in campionato si registra invece un buon quarto posto. Le cose cambiano però presto, ma in peggio: negli anni che seguono non vengono infatti raggiunti risultati di rilievo, a parte un secondo posto nel 1968. Emblematica è poi la stagione 1971-1972: viene abbandonata la classica casacca biancoverde in favore di una a strisce verticali bianche e rosse, inoltre vengono ingaggiati anche Willi Neuberger, Herbert Laumen e Werner Weist. Girano anche nomi importanti di possibili acquisti, tuttavia la squadra si classifica in undicesima posizione. Il club esordisce così nella 2. Fußball-Bundesliga nella stagione 1980-1981 con Kuno Klötzer in panchina. Viene tuttavia sostituito ad inizio aprile da Otto Rehhagel per motivi di salute[6] e, grazie anche ai ventinove gol di Erwin Kostedde, i biancoverdi tornano prontamente in massima divisione. Il tecnico inizia così a guidare un gruppo nel quale passano nel tempo, tra gli altri, Rudi Völler, Norbert Meier, Frank Ordenewitz, Thomas Schaaf, Jonny Otten, Benno Möhlmann, Manfred Burgsmüller, Frank Neubarth e Dieter Burdenski, e comincia ad invertire la rotta: arriva subito un quinto posto nel 1982, mentre l’anno successivo, nel 1985 e nel 1986 vengono ottenuti altrettanti secondi posto. Tranne che nel secondo caso, però, i biancoverdi arrivano sempre a pari punti con il club campione, prima l’Amburgo e poi Bayern Monaco: sono sfavoriti solo da una differenza reti peggiore. Questi e altri buoni piazzamenti fanno sì che i tedeschi partecipino costantemente alla Coppa UEFA, nella quale non fanno comunque mai molta strada. durante la stagione 1998-1999: viene infatti assunto Thomas Schaaf, storica bandiera, in sostituzione di Felix Magath. Egli guida i biancoverdi alla salvezza in campionato e, poche settimane dopo, alla vittoria della Coppa di Germania. La squadra raggiunge i quarti nella Coppa UEFA 1999-2000 eliminando anche il Parma ma, pur con uno stile di gioco offensivo, non ottiene subito grandi risultati. Si registrano però le remunerative cessioni di Claudio Pizarro e di Torsten Frings, mentre Marco Bode termina la carriera.
Palmarès
Titoli di Germania 4
Titoli nazionali 1 Bundesliga 2
Trofei nazionali 6 Coppe di Germania
3 Supercoppe di Germania
1 Coppa di Lega tedesca
Trofei internazionali 1 Coppe delle Coppe
1 Coppe Intertoto