Nella stagione 2007-2008 si è piazzata al 7º posto in Superliga. Ha partecipato, dunque, alla Coppa Intertoto 2008 ed ha vinto battendo il Sivasspor in una delle finali. Nei turni preliminari di Coppa UEFA ha eliminato i bosniaci dello Zrinjski Mostar e, agevolmente, l’Artmedia Bratislava, qualificandosi per la fase a gironi. Nel proprio raggruppamento ha raggiunto i sedicesimi di finale, piazzandosi terzo alle spalle di Wolfsburg e Milan. Battuto lo Standard Liegi (3-0 in casa e 1-1 in Belgio), è rimasta l’unica delle squadre arrivate in UEFA grazie all’Intertoto e si è aggiudicata, come da regolamento, l’ultima edizione del trofeo. Nel turno successivo il Braga è stato eliminato dal Paris Saint-Germain. Con questo successo è stato il quarto club portoghese, dopo Benfica, Sporting Lisbona e Porto, a vincere un trofeo europeo.
Nella stagione 2009-2010 giunge seconda in classifica, a cinque punti dal Benfica campione, qualificandosi per la prima volta ai preliminari di Champions League e riuscendo ad arrivare alla fase a gironi, dove termina al terzo posto. Nel corso della stagione 2010-2011, come terzi classificati del proprio girone di Champions League, sono stati ammessi ai sedicesimi di Europa League, riuscendo nell’impresa straordinaria di qualificarsi per la finale eliminando – tra le altre – negli ottavi il Liverpool e in semifinale i connazionali molto più titolati del Benfica. Il 18 maggio si arrende, nella finale unica all’Aviva Stadium di Dublino, contro un’altra lusitana, il Porto, perdendo per 1-0. Il 22 maggio 2016 vince la sua seconda Taça de Portugal battendo ai rigori i rivali del Porto per 4-2. Il 25 gennaio 2020 vince per la seconda volta la Coppa di Lega Portoghese battendo per 1-0 il Porto grazie alla rete di Ricardo Horta in extremis. Nel 2022-2023, grazie al terzo posto finale, il Braga ha accesso ai preliminari di Champions League, dove elimina il Backa Topola e il Panathīnaïkos per qualificarsi per la prima volta dopo 12 anni ai gironi.